പോര്‍ച്ചുഗലില്‍ ഒരു ദരിദ്ര കുടുംബത്തില്‍ ഭക്തരായ മാതാപിതാക്കന്മാരില്‍ നിന്നാണ് യോഹന്നാന് ജനിച്ചത്. കാസ്റ്റീലില്‍ ഒരു പ്രഭുവിന്റെ കീഴില്‍ ആടുകളെ മേയ്ക്കുന്ന ജോലിയാണ് യോഹന്നാനു ലഭിച്ചത്. 1522-ല്‍ പ്രഭുവിന്റെ കാലാള്‍ പടയില്‍ ചേര്‍ന്നു. ഫ്രഞ്ചുകാരും സ്‌പെയിന്‍കാരും തമ്മില്‍ നടന്ന യുദ്ധത്തില്‍ യോഹന്നാന് പങ്കെടുത്തു. യുദ്ധം കഴിഞ്ഞ് സൈന്യത്തെ പിരിച്ചുവിട്ടപ്പോള്‍ സെവീലില്‍ ഒരു പ്രഭുവിന്റെ കീഴില്‍ അദ്ദേഹം ആട്ടിടയനായി.
ഭൂതകാല ജീവിതത്തിലെ തെറ്റുകളെ ഓര്‍ത്ത് യോഹന്നാന് സങ്കടം തോന്നി. രാവും പകലും പ്രാര്‍ത്ഥനയിലും ആശാനിഗ്രഹത്തിലും ചെലവഴിച്ചു. ആവിലായിലെ വിശുദ്ധ യോഹന്നാന്റെ ഒരു പ്രസംഗം കേട്ടപ്പോള്‍ അനുതാപഭരിതനായി ദേവാലയത്തില്‍ വച്ചുതന്നെ ഉറക്കെ നിലവിളിച്ചു. അദ്ദേഹം ഭ്രാന്തനെപ്പോലെ തെരുവീഥികളിലൂടെ നടന്ന് പാപപരിഹാരം ചെയ്തുകൊണ്ടിരുന്നു. ഭ്രാന്താണെന്നു കരുതി ജനങ്ങള്‍ അദ്ദേഹത്തെ ഭ്രാന്താലയത്തില്‍ താമസിപ്പിച്ചു. അവിടെ അദ്ദേഹം രോഗികളെ ശുശ്രൂഷിച്ചുകൊണ്ടിരുന്നു. പ്രാര്‍ത്ഥനയ്ക്കും പ്രായശ്ചിത്തത്തിനും കുറവ് വരുത്തിയുമില്ല.
സാധു മന്ദിരങ്ങളില്‍ താമസിച്ചിരുന്നവരെ മാത്രമല്ല സ്വഭവനങ്ങളില്‍ കഷ്ടത അനുഭവിക്കുന്നവരെയും അദ്ദേഹം സഹായിച്ചിരുന്നു. തന്റെ ആശുപത്രിക്ക് തീ പിടിച്ചപ്പോള്‍ അദ്ദേഹം തീ വകവയ്ക്കാതെ അകത്തേക്കു ചെന്ന് രോഗികളെ തോളില്‍ വഹിച്ച് രക്ഷപ്പെടുത്തി. കഠിനമായ അധ്വാനത്താല്‍ ക്ഷീണിതനായ യോഹന്നാന് 55-ാം വയസ്സില്‍ നിത്യസമ്മാനത്തിനായി വിളിക്കപ്പെട്ടു.